Σύντομο ιστορικό
Η ιστορία της Ελληνικής Ευαγγελικής Εκκλησίας (ΕΕΕ) μπορεί να χωριστεί σε τρεις ενότητες. Η πρώτη περιλαμβάνει την ιστορία της στον ελλαδικό χώρο, η δεύτερη την ιστορία της στη Μικρά Ασία και η τρίτη την ιστορία όπως αυτή προέκυψε μετά την Μικρασιατική Καταστροφή και την ένωση των δύο τμημάτων στα σύνορα της Ελλάδας.

Προϊστορία
Σημαντικές αναμορφωτικές προσπάθειες έγιναν στον ζωτικό χώρο του ελληνισμού, οι οποίες όμως έμειναν χωρίς συνέχεια. Η πρώτη από αυτές ήταν η αναμόρφωση των Ισαύρων τον 8ο αιώνα, οπότε έγινε προσπάθεια να επιβληθεί μία πιο απλή θρησκεία. Μία άλλη είναι η προσπάθεια του Πατριάρχη Κυρίλλου του Λουκάρεως τον 17ο αιώνα όταν ίδρυσε Πατριαρχικό Τυπογραφείο, παρήγγειλε και τύπωσε τη μετάφραση της Καινής Διαθήκης στα νέα ελληνικά και τέλος συγγράφοντας τη Λουκάρειο Ομολογία, σαφούς προτεσταντικού προσανατολισμού. Αν και στις παραπάνω δύο κινήσεις μεγάλο ρόλο έπαιξε η πολιτική, κανείς δεν μπορεί να αρνηθεί ότι η προσπάθεια για απλούστευση της μορφής της θρησκείας και η επιστροφή στη Βίβλο και στη μελέτη της απασχολούσαν σημαντικό τμήμα των αναμορφώσεων αυτών. Μία άλλη προσπάθεια όχι εκ των άνω αλλά από τον λαό, είναι η δημιουργία ευαγγελικών εκκλησιών από έλληνες επηρεασμένους από τη Μεταρρύθμιση, που ζούσαν στην Κρήτη και στις άλλες ενετικές κτήσεις του ελληνικού αρχιπελάγους κατά τη διάρκεια του 16ου αιώνα. Συχνά οι ευαγγελικοί της εποχής πέρασαν από την καθολική ιερά εξέταση και καταδικάστηκαν σε φυλακίσεις.

Στα χρόνια μετά την γαλλική και πριν την ελληνική επανάσταση διαδόθηκαν οι ιδέες του νεοελληνικού διαφωτισμού. Οι εκφραστές του και ιδίως ο Κοραής, απογοητευμένοι με την κατάσταση του κλήρου, την αγραμματοσύνη του, τη θρησκευτική κατάσταση του λαού, τις προλήψεις, κήρυξαν επιστροφή σε μια πιο απλή μορφή θρησκείας και στην Αγία Γραφή. Μετά την επανάσταση, οι ίδιες ιδέες, μαζί με μία περιρρέουσα ατμόσφαιρα απαρέσκειας προς το επίσημο θρησκευτικό κατεστημένο οδήγησε πολλούς σε αντιδράσεις με πολλές διαφορετικές εκφάνσεις (π.χ. Καΐρης, Λασκαράτος, Φαρμακίδης, Βάμβας). Σε αυτό το κλίμα γεννήθηκε και ανδρώθηκε το αίτημα διεξόδου προς μια πιο σύγχρονη, πιο απλής μορφής θρησκεία, κατά την διάρκεια μίας εποχής με διάχυτη την έννοια της εξέλιξης της κοινωνίας, την αστική ανάπτυξη και αργότερα (επί Τρικούπη) την προσπάθεια εκβιομηχάνισης της χώρας.

Στην Ελλάδα
Η ίδρυση της ΕΕΕ σηματοδοτείται από την έκδοση της εφημερίδας «Αστήρ της Ανατολής» τον Ιανουάριο του 1858. Ιδρυτής της ήταν ο Μιχαήλ Καλοποθάκης (1825-1911), ιατρός χειρουργός, που σπούδασε θεολογία και εξέδωσε την εφημερίδα με στόχο την υπεράσπιση της ελευθερίας του Τύπου. Ο Καλοποθακης επηρεάστηκε από τις παραπάνω ζυμώσεις του καιρού του, αλλά το αποφασιστικό σημείο της μεταστροφής του προς τη Διαμαρτύρηση ήταν η δίκη και καταδίκη ενός αμερικανού ιεραποστόλου του Ιωνά Κινγκ, απλώς και μόνο επειδή πίστευε διαφορετικά. Η καταδίκη αυτή ήταν και το σημείο που έκανε τον Καλοποθάκη να επαναστατήσει αφού είδε ότι στη χώρα του δεν υπήρχε ελευθερία της συνειδήσεως.

Το 1868 ίδρυσε την «Εφημερίδα των Παίδων» πρώτο παιδικό εικονογραφημένο έντυπο, που μέχρι το 1893, όποτε έκλεισε, αποτέλεσε τον σημαντικότερο εκφραστή της παιδικής δημοσιογραφίας στην Ελλάδα.

Το 1871 οικοδομήθηκε ο πρώτος ευαγγελικός ναός στην Αθήνα ενώ σύντομα δημιουργήθηκαν Ελληνικές Ευαγγελικές Εκκλησίες στη Θεσσαλονίκη, τον Πειραιά, τον Βόλο και τα Ιωάννινα.

Κατά τη διάρκεια της κρητικής επανάστασης του 1866-69 ο Καλοποθάκης με τους συνεργάτες του, ίδρυσαν οργανισμό περιθάλψεως των προσφύγων από την Κρήτη, που έδινε τροφή, στέγη και εκπαίδευση σε χιλιάδες αναξιοπαθούντες.

Το 1883 οι ανωτέρω εκκλησίες δημιούργησαν στον Βόλο την πρώτη Σύνοδο των ευαγγελικών εκκλησιών, που τις συνένωσε σε ένα σώμα.

Το 1897 στον «ατυχή» ονομαζόμενο ελληνοτουρκικό πόλεμο, οι υπεύθυνοι της ΕΕΕ με αρχηγό τον Μ. Καλοποθάκη, μετέβησαν στο μέτωπο της Θεσσαλίας με σκοπό την περίθαλψη των τραυματιών και των προσφύγων. Από τις κακουχίες του πολέμου, ο ποιμένας Αθανάσιος Λογγινίδης αρρώστησε και πέθανε.

Κατά την διάρκεια του ίδιου πολέμου του 1897, αλλά και στον Πρώτο Βαλκανικό Πόλεμο το 1912, διακρίθηκε για τις υπηρεσίες της προς την πατρίδα η Μαρία Καλοποθάκη, πρώτη ελληνίδα γιατρός, κόρη του Μιχαήλ. Σπούδασε στο Παρίσι και αφιέρωσε όλες τις δυνάμεις της οργανώνοντας και διευθύνοντας στρατιωτικά νοσοκομεία, εκπαιδεύοντας αδελφές νοσοκόμες και προωθώντας την υγιεινή στα σχολεία. Ο Μ. Καλοποθάκης υπήρξε πάρεδρο μέλος του Παρνασσού, της Αρχαιολογικής Εταιρείας, ιδρυτής Συλλόγου Φιλοζώων, και είχε έντονη δραστηριότητα για την καθιέρωση της αργίας της Κυριακής.

Το 1911 ο Μ. Καλοποθάκης πέθανε και εκδότης του περιοδικού «Αστήρ της Ανατολής» ανέλαβε ο υιός του Δημήτριος (1867-1946). Ο Δημήτριος ήταν υφηγητής της ιστορίας στο Πανεπιστήμιο Αθηνών και δημοσιογράφος ανταποκριτής των TIMES και της MORNING POST. Ο Δ. Καλοποθάκης χρησίμευσε στον Ε. Βενιζέλο στην εκστρατεία για τις εθνικές διεκδικήσεις προ της συνθήκης των Βερσαλλιών (1919). Από τον Βενιζέλο έλαβε την εντολή να ιδρύσει και να διευθύνει το Γραφείο Τύπου του Υπουργείου Εξωτερικών από το 1920 μέχρι το 1930. Τιμήθηκε με διάφορα παράσημα από την Ελληνική και τη Βρετανική Κυβέρνηση.

Στην Μικρά Ασία
Στην Μικρά Ασία Ελληνικές Ευαγγελικές Εκκλησίες ιδρύθηκαν στον Πόντο, στην Καππαδοκία, στην περιοχή της Σμύρνης και στην Κωνσταντινούπολη, κυρίως από το 1870 και μετά. Σημαντική προσωπικότητα για τις εκκλησίες της Μ. Ασίας, υπήρξε ο Ξενοφών Μόσχου, περίφημος φιλόλογος μεταφραστής του σημαντικότερου λεξικού της αρχαίας ελληνικής γλώσσας, των Liddell και Scott. Ο Μόσχου υπήρξε βοηθός του Μητροπολίτη Σμύρνης Χρυσοστόμου, συντάκτης της αγγλικής αλληλογραφίας του.

Με τις διώξεις-γενοκτονίες πολλοί ευαγγελικοί μικρασιάτες έχασαν τη ζωή τους και μεταξύ τους οι ευαγγελικοί ποιμένες Π. Παυλίδης, Χ. Μποσταντζόγλου, Α. Ιωακειμίδης, Δ. Θεοχαρίδης, οι οποίοι απαγχονίστηκαν από τους Τούρκους για την εθνική τους δράση.

Παρότι η συνθήκη της Λωζάννης εξαιρούσε τους Ελληνες Ευαγγελικούς από την ανταλλαγή των πληθυσμών, αυτοί ακολούθησαν τους ορθόδοξους αδελφούς τους στην Ελλάδα το 1922.

Μετά το 1922
Οι ευαγγελικοί πρόσφυγες είτε εντάχθηκαν στις ήδη υπάρχουσες εκκλησίες στην Ελλάδα, είτε δημιούργησαν καινούριες στους τόπους όπου εγκαταστάθηκαν. Το 1924 συνεπήχθη ο Πανελλήνιος Ευαγγελικός Σύνδεσμος που περιέλαβε όλες τις εκκλησίες. Το 1938 ο Σύνδεσμος μετονομάστηκε σε Ελληνική Ευαγγελική Εκκλησία που δια της Συνόδου της, τις συνένωσε σε ένα σώμα.

Κατά τη διάρκεια όλων των αγώνων της Ελλάδας, στη διάρκεια του 20ου αιώνα από τους Βαλκανικούς πολέμους και τη μάχη του Σκρά στον Α’ Παγκόσμιο, μέχρι την Κύπρο, οι Ελληνες ευαγγελικοί έδωσαν το παρών και το αίμα τους στην προάσπιση των εθνικών δικαίων. Ο «Αστήρ της Ανατολής» έκλεισε τον Απρίλιο του 1967 με την επιβολή της λογοκρισίας και ξανάνοιξε μετά από 7 μήνες.

Ποικίλη συνεχίζει να είναι η δραστηριότητα της ΕΕΕ στον πνευματικό, φιλανθρωπικό, εκδοτικό, καλλιτεχνικό, κοινωνικό τομέα.